钡剂灌肠检查，对克罗恩病诊断具有重要作用，特别是肠腔狭窄时内镜检查无法到达者，表现有胃肠道的炎性病变，如僵硬，裂隙状溃疡，粘膜皱襞破坏，卵石征，假息肉，瘘管形成等，病变呈节段性分布，单发或多发性不规则狭窄和扩张。全消化道造影可以了解末端回肠或其他小肠的病变和范围。

    克罗恩病内镜下表现为节段性，非对称型分布的黏膜炎症，纵形或阿弗他溃疡，鹅卵石样增生，肠腔狭窄僵硬等改变，而周围粘膜正常。胶囊内镜对发现早期小肠损伤有积极意义，双气囊小肠镜可取活检助诊，超声内镜有助于确定病变深度，发现腹腔内肿块和脓肿。

    克罗恩病典型病理改变，包括裂隙状溃疡和阿弗他溃疡，非干酪样肉芽肿，固有膜炎性细胞浸润，粘膜下层增宽，淋巴细胞聚集，淋巴管扩张，而隐窝结构大多正常，杯状细胞不减少。手术切除的肠段可见穿透性炎症，肠壁水肿，纤维化，以及系膜脂肪包绕，局部淋巴结有肉芽肿形成。