对于小儿泌尿外科医生来说，尿道下裂是最常见得先天性畸形。门诊上对于大多数家长来说，心理压力非常大，也会常常被问及：“为什么会发生这种疾病？”，“再怀孕，还会患有这种疾病吗？”
对于第二个问题，从目前研究结果可以很容易找到答案。过去几十年的研究结果发现尿道下裂在直系亲属（兄弟，父子）的再发生率较正常人群高出13倍，兄弟间的发生率为9%-17%，父子间的发生率为1-3%。有学者研究400个家庭后发现，家庭中再发生尿道下裂有22%的概率。而且患者的严重程度并不能提示家庭中再发生该类疾病的可能性。因此即使是轻度的尿道下裂也意味着家庭内群体发生的可能性。
病因复杂多样，过去的多年，科学家常常纠结于基因的突变和环境暴露之间。基因突变是尿道下裂发展的原动力吗？基于基因理论，很多研究者明确了突变位点，这些基因目标不仅包括编码雄激素受体影响雄激素代谢的基因（SRD5A2，MAMLD1），还包括很多生长因子（FGF8），以及胎儿分化方向的基因和其他转录和切割中起作用的基因（WT1，SF1）等等。但研究发现，只有很少尿道下裂患者可以通过基因突变来解释。
因此，基因突变无法解释一切后，环境因素就起了重要的作用，很多环境因素与尿道下裂发生有关系。母体胎盘微环境的降低与尿道下裂的发生率呈负相关。其中包括双胎，低出生体重，胎盘重量不足以及高龄产妇等。有机环境污染物与基因突变有一定的相关性，通过生物化学作用干扰体内内分泌代谢。比较明确的例子是某些除草剂和杀虫剂可以通过增加雌激素改变内分泌环境，影响体内敏感组织。
环境暴露因素可以通过改变基因表观特征来决定疾病的发生，通过表观遗传学的改变，碱基对的甲基化或组蛋白的乙酰化等方式改变基因的表达。
随着我们对基因/表观遗传的因素对尿道下裂发生的理解进一步加深，我们对该类疾病的认识也会逐步深入，只有很小的一部分家族性病例与基因突变有直接关系，有多少病例与表观遗传的改变有关仍不清楚。随着基因测序的推广和普及，这种分析越来越可行。这不仅仅是学术利益，还能够为生殖，生活方式的改变，基因咨询和治疗等方面具有特殊含义。不久的将来，作为临床医生，我们毫无疑问在这方面起到重要的作用。