手足口病潜伏期一般为3-6天，发病初期出现类似感冒的症状，如发热、咳嗽、流鼻涕、恶心、呕吐等，发热情况可持续4-5天。手足口病的其它症状中，口腔黏膜疹出现比较早，起初为粟米样斑丘疹或水疱，周围有红晕，一般无疼痛及痒感，痊愈后不留痕迹。
除此之外，口腔内会有疼痛的溃疡，导致吞咽困难，食欲减退；手足等远端部位出现或平或凸的斑丘疹或疱疹，皮疹不痒，斑丘疹在5天左右由红变暗，然后消退。手足口病的并发症并不常见，在罕见的情况下，才会引发病毒性脑膜炎。