和其他所有疾病一样，脑脓肿的诊断需要结合临床表现、实验室检查及影像学检查。
1.病史注意有无全身感染症状和病史，身体其他部位是否有感染灶。对于有中耳炎、鼻窦炎、先天性心脏病或开放性头颅外伤病史，而后出现颅内压增高者，均要考虑存在颅内感染的可能。体格检查时需注意头颅中线部位有无皮肤窦道。皮肤窦道合并颅内皮样囊肿继发感染时亦可引起脑脓肿。
2.实验室检查外周末梢血液中白细胞数增高，CRP，腰穿脑脊液化验，白细胞数增多。血、尿、痰培养。
3.头颅CT扫描早期脑炎CT平扫显示病灶呈边界模糊的低密度区，增强扫描有时可有斑片状强化。晚期脑炎病灶仍为低密度，周围有水肿，增强扫描可见病灶中心有强化。早
期脓肿壁形成期CT平扫时病灶呈低密度可见密度稍高的环，增强扫描时该环明显强化，环中央的低密度区为脓液，无强化表现。晚期脓肿壁形成期CT显示环明显增厚。
4.头颅MRI检查在脓肿期占位病灶在T加权像上为高信号，T2加权像上呈长T2高信号，周围有低信号壁围绕，伴大范围脑水肿，增强扫描病灶呈环形强化，中央及周围水肿无强化。