肛窦炎的治疗包括四个方面：
肛门局部清洁。
可用温的3%硼酸液坐浴或外洗。每日3次，腹泻的病儿应适当增加清洁的次数，其它宝宝大便后必须洗1次。
肛门或直肠内应用抗感染药物。
可用饱蘸1%黄连素液的棉球敷于肛门处，待下次换尿布时弃掉，再重新敷上，坚持数天；还可用注射器抽取1%黄连素液1-2毫升，将去掉针头的注射器接口插人肛门，直接灌注于肛门口内，每日2-3次，坚持3-5天；其它如喜疗妥、百多邦、复方新霉素软膏等也可使用。
缓解肛门括约肌痉挛。
一般用1：5000阿托品滴剂于奶前15分钟滴人口内，每次2-4滴，滴后若面红明显可减少滴数。此药可减少“吃奶→大便→哭闹”连锁症状的发作，减轻病儿肛门疼痛，病儿哭闹好转可以停药。
服用抗生素。
可选用对大肠杆菌和厌氧菌敏感的药物，局部压迫有脓性物排出时，必须使用抗生素。
经上述治疗，大多数病儿约1周后症状将明显缓解。如果诊断不及时或治疗方法不当，有些病儿可能在肛窦炎的基础上发展成肛周脓肿。为了减少和预防肛窦炎，除了积极治疗臀红和婴儿腹泻外，改变旧的习惯很重要。
许多家长在宝宝排便后，随手用尿布使劲擦肛门，一方面尿布不卫生，另一方面因宝宝肛门口松、直肠靠近肛门的粘膜可能外露，加上肛门局部皮肤娇嫩，布擦容易造成粘膜或皮肤损伤，从而引发肛窦炎或肛门感染。正确的方法是宝宝排便后，用温水冲洗肛门后，以消毒的软布或棉球蘸干。
另外，新生儿和小婴儿非正常哭闹时，您注意观察宝宝哭闹是否与排便有关，如果有吃奶→排便→哭闹连锁症状，或者检查宝宝肛门旁皮肤下面有触痛的小硬结，或粪便条某侧有少量脓液或血丝，应带宝宝到医院诊治，越早治疗效果越好。