对于严重的，药物无法控制的，甚至危及生命的难治性神经厌食症，可以考虑外科手术治疗。
外科手术治疗神经性厌食症已经走过了50多个年头，首次对前额叶切除治疗神经性厌食症的报道发报表于1950年。当时选择的是前额叶全切术，术后两个月患者体重获得明显增加和食欲大增。现代的神经性厌食症外科治疗术诞生于近十年，具有创伤小、精确度高和靶向性的特点。如今，手术方式多选用毁损手术和脑起搏器（脑深部电刺激，DBS）手术。
毁损手术：通过特定的毁损方式离断前额叶皮质和皮质下核团的纤维联系。通常选择的靶点有，内囊前肢、前扣带回和伏隔核。