肛瘘的四大并发症有：
肛门不完全性失禁：
由于肛瘘反复性的发作，造成了肛管直肠周围的软组织和肌肉广泛的发生感染，致使大量结缔组织变硬、增生，让肛门周围因此失去了弹性，从而影响到了肛门的关闭功能，有的时候还会对稀便难以控制，这样就会造成不完全性肛门失禁。
肛门慢性湿疹：
肛瘘是经常反复发作的，反复发作就会造成分泌物溢出，这样长期刺激肛周，以至于造成了皮肤慢性湿疹，患者就会出现奇痒难忍的现象。
肛门直肠狭窄：
患者由于常年的反复炎症的刺激，造成了瘢痕挛缩，这样肛门、肛管、直肠腔道就会变得狭窄，导致了大便发生变细、变扁，大便困难的现象，甚至有的还会发生恶心、呕吐、腹胀等肠梗阻症状。
在临床检查送的时候，我们会发现肛管或者直肠有明显的瘢痕，肛门紧缩，甚至食指都难以通过，有的个别病人还会在直肠末端出现瘢痕隆起的现象，这类似于直肠癌的体征，很容易被误诊。有些人在没有经过检查就会自认为是习惯性便秘，而且服用了大量中西药治疗后效果不明显。
肛瘘癌变：
拒经临床观察和相关报道发现，肛瘘患者如果超过十年以上就会容易发生癌变，这是与长期慢性炎的症刺激有关的。可能是由于局部区域淋巴结构被破坏了，免疫力就会降低，造成瘘管组织逐渐的发生了癌变。这主要表现为肛瘘外口排出黏胶状分泌物，而且在切开瘘管后，瘢痕组织脆硬并且易出血。
肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。