颞下颌关节不同于身体的其他关节，铰链和滑动运动的结合使这个关节成为身体中最复杂的关节之一。由于其复杂的运动和独特的组成，下颌关节及其控制肌肉在出现问题时可能对患者和医生构成巨大的挑战。也正是因为这种复杂性，目前为止，并未真正找到关节紊乱的病因，而是与很多因素相关，包括合因素、肌功能紊乱、精神心理因素、创伤因素、关节负荷过重（夜磨牙、白天紧咬牙、炎症免疫等）、关节解剖因素、其他（寒冷刺激、不良姿势、不良习惯等）。

对于一些TMJ的患者，咬合创伤或者关节创伤起到了一定的作用。但对于大多数关节和肌肉的问题，研究者们并不知道原因所在。因为这个疾病更多的存在于女性中间，科学家努力寻找颞下颌关节紊乱和女性激素的关系。对于大多数人，症状的出现好像没有很明显的原因。研究者们不支持不好的咬合或者正畸牙套可以引起TMJ的这一常见的观点。