HIV基因组两条正股RNA链在5’端通过部分碱基互补配对而成双聚体。病毒基因全长约9.8kb，含有3个结构基因（gag、pol、env）、2个调节基因（tat（反式激活因子）、rev（毒粒蛋白表达调节子）和4个辅助基因，（ nef（负调控因子）、vpr（病毒r蛋白）、vpu（病毒u蛋白）和vif（毒粒感染性因子）。首都医科大学附属北京地坛医院皮肤性病科伦文辉

gag基因编码HIV-1的病毒核心蛋白包括p17、p24、p15， p15则进一步裂解成与病毒RNA结合的核壳蛋白p9和p7。HIV-1的病毒核心蛋白具有较好的免疫原性，是HIV最保守的蛋白之一。

env基因编码病毒包膜蛋白， gp160是HIV包膜糖蛋白前体。该前体蛋白在蛋白酶的作用下被切割成外膜蛋白gp120和跨膜蛋白gp41。HIV的外膜蛋白GP120和跨膜蛋白GP41以非共价作用力结合。

Pol基因编码HIV病毒复制的酶类，主要有3种，逆转录酶、蛋白酶和整合酶。逆转录酶（RT）又称依赖RNA的DNA多聚酶，具有多聚酶和核酸内切酶（RNase H）的功能；有两种形式：p51和p66，它们的氨基端序列相同但羟基不同，终止的区域不一样。蛋白酶具有切断各种结构蛋白质前驱体蛋白的作用。整合酶能够把病毒整合到宿主细胞染色体中。

调节基因tat和rev编码的蛋白HIV复制均具有反式激活作用。病毒感染细胞后最先合成的病毒蛋白是具有调节功能的Tat蛋白，感染细胞后病毒Tat蛋白的合成早于Gag蛋白。

rev基因编码的Rev蛋白主要位于细胞核及核仁内，是一个重要的调节HIV基因复制的反式激活因子，对HIV调节蛋白具有负调控作用，对病毒颗粒蛋白具有正调控作用。其主要功能是促进HIV的基因表达由早期（转录调节蛋白mRNA）向晚期（转录HIV结构蛋白mRNA）的转化，并促进晚期转录的进行。

vif基因编码一个23 kd的病毒颗粒感染性因子（virion infectivity factor），即vif蛋白。这种蛋白质可以抑制宿主的免疫攻击。Vpr蛋白：Vpr基因编码分子量大约为14 kD的蛋白。Vpr在HIV 1、HIV 2中高度保守，与受感染宿主细胞内多种蛋白相互作用，对病毒复制、宿主细胞周期及分化表现出一系列的生物学功能。Vpr蛋白在HIV引起的细胞凋亡中发挥着重要作用。

Nef蛋白是一个27 kd的磷酸化蛋白，存在于灵长类慢病毒中。Nef蛋白在病毒感染的早期阶段产生并持续至晚期阶段，在受感染细胞的浆膜及骨架上弥散分布。是成熟病毒颗粒的整合蛋白，与细胞的膜结构相结合。

vpu基因：vpu基因是HIV-1特有的， HIV-2无此基因。HIV-2有一功能不明vpx基因。该基因编码一个81个氨基酸的磷酸化蛋白，主要定位于细胞膜。