ANAs是自身免疫疾病的一个判断指标。
复发性流产患者约30%可检出ANAs,
不育症患者ANA阳性为20%.
不良妊娠史患者ANA阳性提示其他影响妊娠的抗体的存在。这就是所谓的“自身免疫性生殖障碍综合征”。

ANAs检出阳性的人群多存在同种免疫问题，并常伴有自然杀伤细胞和／或Th1细胞因子水平过高。
ANAs常和高活性NK细胞一同出现，这种组合会迅速引发针对胚胎的炎性反应，使胚胎停育。

胚胎死亡会使身体产生更多的自身抗体，使受孕更加困难。这些自身抗体首先在血液中形成，之后开始慢慢聚集在淋巴系统和淋巴结中，对身体构成威胁。

经过数次流产后，抗体甚至会埋伏在子宫中，一旦出现妊娠，就开始攻击妊娠组织。患者此时的身体变成了一个对胎儿“免疫”的身体。

系统性红斑狼疮是一种慢性的、可致命的疾病，症状特点为“发病－－好转”。由于患者自身免疫活性失控，女性患者的流产率较正常群体高出很多。

某些药物也可导致“药物性狼疮”，这时身体可检出抗组蛋白（染色体的成分）抗体，但并不意味着存在任何疾病。这些药物包括：胼酞嗪、地仑丁、普鲁卡因胺和异烟肼。大约50%的斑秃（自身抗体破坏毛囊）患者为ANAs阳性。

在胃肠疾病、内分泌疾病、血液疾病、皮肤病和类风湿疾病中，都可以见到ANAs的身影。

病毒与细菌感染、环境因素也可加速ANAs的产生。
例如，2005年的一份研究指
出，血液中双酚A(食品罐内
壁和塑料婴儿奶瓶等日用品
中所含的成分）浓度高的女
性中可检出ANAS.
另有研究发现牙科的一种充
填材料所含的汞和银可引起
有害免疫反应，致使汞敏感
人群体内的ANAs水平超标。