肉毒毒素就像洋地黄、阿托品及紫杉醇等天然物质，尽管人们首先认识到的是它们的毒理特性，但随着认识的深入目前已成为不可或缺的常规药物。最早有关肉毒毒素的记载是过期食物产生的肉毒毒素引起食物中毒。18世纪早期，德国医生Kerner发表了对食源性肉毒毒素中毒临床症状的第一次准确和完整的描述。18世纪晚期，比利时微生物学家van Ermengem教授，首次从食物和食物中毒者中分离出了致病菌——梭状肉毒杆菌。

20世纪70年代，旧金山Smith-Kettlewell眼科研究中心的眼科医生Alan Scott的研究方向为斜视患者的非手术疗法，他坚信可以通过一种化学物质来削弱眼外肌牵拉眼球的力量，从而达到肌肉切除相同的作用。在经过一系列动物实验与临床研究后，Alan Scott医生最终获得美国食品和药品管理局（FDA）批准，开始将A型肉毒毒素用于治疗人类斜视和眼睑痉挛。

将A型肉毒毒素用于整形美容领域可以追溯到20世纪80年代，眼科医生Jean Carruthers注意到在治疗眼睑痉挛时会对眉部产生意想不到的作用：明显改善了眉间皱纹，使表情看起来平静自然。Allergan首先开展了一项将肉毒毒素用于治疗眉间皱纹的研究项目，最终在世界范围内都批准了这个适应证。