《温疫论》一书提出了当时对传染病的称呼疫病的病因是非其时而有其气。《温疫论》认为伤寒等病是由于感受天地之常气而致病，而疫病则是感天地之疫气致病。《温疫论》将瘟疫与其他热性病区别开来，从而使传染病病因突破了前人六气学说的束缚。《温疫论》在我国第一次建立了以机体抗病功能不良，感染戾气为发病原因的新论点。

        瘟疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感。疫气（病毒）从口鼻而入，首先犯肺，逆传心包。早期应用中药透邪达表，可以预防感染者发生重症肺损伤，重症患者应用中药凉血解毒，改善呼吸衰竭和瘀血重症，减少病死率。历史上中医药就发挥着重要的治疗瘟疫的作用，目前世界上对于单纯病毒感染没有使用抗生素进行防治的，所以中药治疗显得更加难能可贵。

         瘟疫侵犯的病位大多是人的黏膜，从口腔黏膜、鼻黏膜、眼睛的结膜都可感染，侵入肺脏后也主要是损伤肺泡黏膜，不同于细菌感染性肺炎引起肺实变和炎症渗出。

         瘟疫的病性多属热，可杂合六气（风、寒、暑、湿、燥、火）侵及人体。疫毒大都在节气不和，寒暑乖厉时发生，故疫毒多借助异常的六气为病，可以温热为载体，还可以风、寒、湿、燥邪相兼夹。本次武汉天气寒湿、老年体弱者多病，死者也多是偏于老年体弱者，所以疫毒、寒湿互结可以解释。

        《 瘟疫论》载有名方达原饮，本方是为温疫秽浊毒邪伏于膜原而设，也就是病毒侵犯人的黏膜。《温疫论》说：“疫者感天地之疠气，……邪从口鼻而入，则其所客，内不在脏腑，外不在经络，舍于伏膂之内，去表不远，附近于胃，乃表里之分界，是为半表半里，即《针经》所谓‘横连膜原’者也。”方用槟榔辛散湿邪，化痰破结，使邪速溃，为君药。厚朴芳香化浊，理气祛湿；草果辛香化浊，辟秽止呕，宣透伏邪，共为臣药。以上三药气味辛烈，可直达膜原，逐邪外出。凡温热疫毒之邪，最易化火伤阴，故用白芍、知母清热滋阴，并可防诸辛燥药之耗散阴津；黄芩苦寒，清热燥湿，共为佐药。配以甘草生用为使者，既能清热解毒，又可调和诸药。全方合用，共奏开达膜原，辟秽化浊，清热解毒之功，可使秽浊得化，热毒得清，阴津得复，则邪气溃散，速离膜原，故以“达原饮”名之。