1、新生儿败血症由于误诊等，治疗往往不太得力，因此易造成很严重的后果。其最重要的并发症是化脓性脑膜炎、肺炎、肺脓肿、骨髓炎、肾盂肾炎及蜂窝组织炎等。这些并发症都是重症，其一是病死率高，其二是后遗症多。化脓性脑膜炎的后遗症自不必说，骨髓炎造成肢残，肾盂肾炎亦可成为终生疾患。患新生儿败血症后，可能变成了一个残疾儿，所以必须重视新生儿感染问题。
2、新生儿败血症还会影响宝宝智力发育。新生儿败血症如果不能及时、彻底地治疗，可能导致高胆红素血症，甚至核黄疸及化脓性脑膜炎发生，均可影响小儿智力发育。因此，当小儿有皮肤脓疱疹、脐部发红化脓或臀部皮疹、破溃应到医院诊治。如果小儿吃奶减少、嗜睡、哭闹不安、黄疸加重，出现腹胀、腹泻等应住院彻底地抗感染治疗，有效制止病情发展。
3、预防新生儿败血症刻不容缓。孕妇莹定期作产前检查，分娩过程中应严格执行无菌操作，对胎膜早破、宫内窒息或产程过长的新生儿应进行预防性治疗。对有感染与发热的母亲应用广谱、通过胎盘屏障的抗生素。对有窒息的新生儿的复苏尽量减少交叉感染的机会。做好宝宝皮肤、黏膜护理，应特别注意避免感染或损伤。不要用粗糙不洁的布巾擦洗新生儿口腔，以免损伤口腔黏膜。如有感染性病灶，应及时处理，并应用适量抗生素预防感染。
新生儿败血症并发症
1、化脓性脑膜炎：化脓性脑膜炎是由化脓性细菌所引起的脑膜炎。由于此类感染主要波及蛛网膜下腔，所以脑、脊髓、脑神经以及脊神经均可受累，而且还常常伴有脑室壁及脉络丛的炎症。
2、肺炎：小儿肺炎是临床常见病，四季均易发生，以冬春季为多。如治疗不彻底，易反复发作，影响孩子发育。小儿肺炎临床表现为发热、咳嗽、呼吸困难，也有不发热而咳喘重者。其病因主要是小儿素喜吃过甜、过咸、油炸等食物，致宿食积滞而生内热，痰热壅盛，偶遇风寒使肺气不宣，二者互为因果而发生肺炎。
3、肺脓肿：肺脓肿是由多种病因所引起的肺组织化脓性病变。早期为化脓性炎症，继而坏死形成脓肿。根据发病原因有经气管感染型、血源性感染型和多发脓肿及肺癌等堵塞所致的感染型3种。肺脓肿也可以根据相关的病原进行归类，如葡萄球菌性、厌氧菌性或曲霉菌性肺脓肿。不过自抗生素广泛应用以来，肺脓肿的发生率已大为减少。