神经母细胞瘤患儿的临床表现具有较大的差异性，症状取决于肿瘤来源的部位、是否存在转移以及是否出现综合征。原发性肿瘤部位包括肾上腺、椎旁腹膜后、后纵隔、颈部和骨盆（频率从高到低）。值得注意的是，在某些先天性神经母细胞瘤的病例中，如果产前没有检测到肿块，那么新生儿可能没有症状，肿瘤可能会自发消退，临床上不会留下明显的痕迹。

由于肾上腺是先天性神经母细胞瘤最好发的部位，65%的新生儿出现腹部腹膜后单侧肿块。肿瘤压迫肾动脉可激活肾素-血管紧张素-醛固酮系统，并导致高血压。高血压和心动过速也可由神经母细胞瘤中的儿茶酚胺释放引起。如果神经母细胞瘤起源的部位是颈部，则可以触诊颈部外侧肿块，这些肿块可能与喘鸣和呼吸困难有关，这取决于气道受压迫程度。颈部神经母细胞瘤快速增长的病例中，可能也存在先天性霍纳综合征，其特征是瞳孔缩小、上睑下垂、眼球内陷和虹膜异色。患有单侧先天性霍纳综合征的新生儿应进行彻底检查，以评估颈部、胸部和腹部的继发性神经母细胞瘤肿块，同时应在实验室检测尿液中的儿茶酚胺代谢物。

胸部神经母细胞瘤属于少发病例，患者可能出现呼吸窘迫、喘鸣、气道压迫和霍纳综合征。由于神经母细胞瘤产生于椎旁交感神经节，可通过神经孔进入椎管，形成具有独特哑铃状的椎旁肿瘤。这个肿瘤压迫脊髓可能导致危险的情况，新生儿可能双腿永久性瘫痪以及肠和膀胱功能障碍。

   新生儿4S期转移性疾病是危重的，存在继发于转移导致的肝肿大的严重腹胀，并且由于呼吸受阻需要长期插管。除了苍白、呼吸急促和嗜睡，这些婴儿的一个特征是“蓝莓松饼”状皮下结节，这与神经母细胞瘤转移到皮肤有关。