一、局部治疗
对于小病灶，局部应用二氯醋酸或三环类抗抑郁药是一种合理的选择。局部应用三环类抗抑郁药的耐受性通常良好，但偶尔可导致疼痛，三环类抗抑郁药对较年轻的患者更有效。局部使用5-氟尿嘧啶治疗一个疗程也可能有效。
二、免疫调节
对于正在接受高效抗逆转录病毒治疗的感染HIV的男男性行为者，一个疗程的咪喹莫特肛内自我给药可使肛管鳞状上皮内病变获得病理学缓解。该方法可能最适合存在广泛分布的多发病灶的患者。
三、红外线凝结法
对于太大而不适合采用三环类抗抑郁药治疗的病灶，可在诊室采用红外线凝结法进行治疗。红外线凝结法治疗包括直接采用1.5秒红外线波段的脉冲，照射异型增生的肛管上皮，这可导致约1.5mm深度的组织被破坏。可能发生的与该操作有关的并发症，包括即刻和延迟出血及感染。多项研究表明，在感染和未感染HIV的个体中，红外线凝结法具有安全性和有效性。
四、肛门镜引导下的病灶消融
如果病灶太大而不适合接受诊室的局部治疗，可使用高分辨率肛门镜对受累区域进行观察界定，以进行电烙消融。对于存在环周病灶或病灶非常广泛的患者，该治疗可能需采用多次操作分阶段进行。使用高分辨率肛门镜可使并发症最小化。
在单次肛门镜引导下的病灶消融治疗后，初始病灶的疾病控制概率约为80%。在HIV未感染男性和HIV感染男性中，均出现了疾病复发，但只有极少数患者进展为肛管鳞状细胞癌。即使在最初被认为通过单次消融已实现完全缓解的患者中，局部复发率也较高，这要求在治疗后必须进行仔细监测。尽管如此，大部分这样的复发病灶可通过在诊室进行治疗而成功处理。
在一般人群中，肛管癌的发病率正在增加，在人类免疫缺陷病毒感染的男男性行为者中，肛管癌的发病率尤其高，因此，对该人群进行肛管细胞学筛查尤为重要，可进行高分辨率肛门镜并进行肛管直肠指检。