1、X线检查：可做单独盆腔充气造影盆腔充气造影及子宫输卵管碘油造影和单独子宫输卵管造影。多数内异症患者有内生殖器官的粘连及与肠曲粘连。异位内膜最易种植于子宫直肠陷凹故粘连的内生殖器易发生于子宫直肠陷凹，使之变浅，尤其在盆腔充气造影侧位片显示更明显输卵管卵巢可形成粘连团块，在充拍片或在充气造影显示更清楚。碘油子宫输卵管造影可保持通畅或通而欠畅往往24小时复查片中可见碘油因粘连而涂抹不佳呈小团块状或粗细不等的点状似雪花样表现。结合排除其他不孕原因及具有痛经等病史，可有助于诊断子宫内膜异位症。
2、免疫学检查：专家指出，近年来很多研究认为子宫内膜症的发病与免疫有关，在细胞免疫缺陷的女性，内膜碎片可种植于腹膜以致发生内异症。
3、腹腔镜：为诊断子宫内膜异位症的有效方法，镜检所见最新鲜的种植灶呈黄色小水泡；生物活性最强的为大焰状出血灶；多数散在病灶融合成咖啡色斑块，并向深部植入；骶韧带增粗、硬化缩短；盆底腹膜疤痕形成，使子宫直肠窝变浅
4、B超：内膜样囊肿声象图呈颗粒状细小回声如囊液粘稠，内部漂浮有内膜碎片时，易与畸胎瘤内脂肪中含有毛发的回声特点相似即为液内见小细光带，呈平行虚线状分布。有时内部见分隔将其分成数个大小不等的囊腔，各个囊腔之间回声不一致，常与子宫粘连而两者边界不清。