NF1基因诊断常见问题
2017年09月19日 【健康号】 李明

由于I型神经纤维瘤病临床表现复杂,而且临床表现出现时间跨度大,可以从出生表现为多发性咖啡斑到老年伴发肿瘤,即使对于有经验的临床医生来说,早期临床诊断也是十分困难。目前基因诊断依然是诊断该病的金标准。本文就患者以及专业医生经常遇到的问题做一简单阐述。


1.为什么要进行NF1基因诊断?

首先,是为了明确疾病的诊断,让临床医生对疾病的预后尽可能进行一个评估,同时区别其他一些非NF1的多发性咖啡,如:Legius 综合症、LEOPARD综合症、斑驳病等;第二,明确NF1基因诊断的目的是为了再生育产前基因诊断,优生优育,因为目前该病没有根治的手段。


2. 为什么父母没病,小孩患病?

1型神经纤维瘤病是常染色体显性遗传,临床上约50%患儿为散发病例,即父母正常,小孩发病,原因是因为NF1基因易发生新生突变,即de novo突变。患儿的突变是因为合子后卵裂过程中发生突变,大多数散发病例均属于此类情况,但是仍然有少数患儿的NF1基因突变遗传来源于父母生殖细胞的嵌合。对于新生突变,父母再次生育小孩是患病的可能性不大,但如果父母生殖细胞存在NF1基因突变嵌合的话,遗传的概率要取决于生殖细胞嵌合的比例,所以在条件允许的情况下,我们建议对患病小孩正常父母的体细胞嵌合比例进行检测,常用的方法有克隆测序,SNaPshot测序,NGS测序(>1000),另外还有焦磷酸测序等。


3.目前NF1基因诊断的阳性率是多少?

这是一个很难回答的问题,对于符合NIH诊断标准的患者,目前NF1基因致病变异检出率国内外都在95%左右,目前测序技术已经均一化,绝大部分数据已经能够全球共享,所以检出率目前已经不是问题。关键在于我们一些遗传咨询从业人员不是很专业,包括检测分析人员和临床医生,因为判断NF1基因变异致病与否需要丰富的临床基因诊断的经验。对于临床上诊断不清的病例,谈NF1基因诊断的阳性率的多少是没有意义的。


4.NF1基因诊断的方法有哪些?需要多长时间?

以往常用的方法是Sanger测序,包括MLPA分型大片段缺失等。近年来更多的是采用二代测序(Next generation sequencing,NGS)方法检测,包括基因Panel测序或者全外显子组测序,市场上很多成熟的测序平台都有不同P anel包含NF1、NF2以及SPRED1等。至于Panel和全外显子组测序各有利弊,在此不再赘述。一般Sanger测序一周左右可以得到NF1基因的所有外显子及剪接区域的序列,NGS需要4周左右出结果。如果Sanger测序和NGS未发现NF1基因变异,需要MLPA进一步分型大片段缺失,则需要更长检测的时间。


5.NF1基因检测出现阴性结果的可能性?

对于临床上确诊为I型神经纤维瘤病的患者,NF1基因检测出现阴性结果的可能性有以下几个方面:第一、由于种种原因,大片段缺失检测被忽略。根据目前我们检测的经验来看,中国NF1群体的基因大片段缺失的比例在10%左右。第二、患者为嵌合突变,血液中嵌合比例在5%以下,Sanger测序无法检测出如此低的嵌合变异,解决的办法是可以取病变组织检测,比如纤维瘤或咖啡斑,可以有效提高检出率。第三、Sanger引物序列存在SNP,导致野生型单倍体优势扩增,测序时无法检测出致病变异。所以引物设计时尽量能够检测一下是否含有SNP,可以对照UCSC或者SNP check等网站。第四、有一定可能致病变异位于NF1基因内含子深部,一般大于+100或-100bp以外的磩基变很难鉴定其致病性与否,以及NF1变异位点位于外显子开始或末尾几个碱基,氨基酸变异为同义突变,事实上影响剪切而被忽略,以上的情况可以采用NF1基因mRNA测序排除。

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李明
主任医师
皮肤科
儿童湿疹、遗传性皮肤病基因诊断与产前基因诊断、过敏性紫癜、银屑病、痤疮、真菌及细菌感染
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