可供选择方法很多，很多时候各种方法结合起来综合判断———
1.Goodsall规则：瘘管外口位于肛门横径线前方，内口通常呈放射状与外口相连，外口位于横径线后方，内口常常（但并不都是）位于肛门后正中线齿线处。规则不是法则，有一定局限性。

2.体格检查和肛门镜检查：肛瘘位置表浅，有经验的医生通过触诊及肛门指检判断瘘管走向，也需要结合临床表现。瘘管位置深，触诊则不易判断。肛门镜下可发现感染的肛隐窝处排出脓性分泌物。

3.探针检查：一般需要麻醉下进行，常在手术时用来判断，探针可从内口或者外口进入。探针不能强行用力，有造成新的瘘管和窦道及内口的风险。

4.瘘管的牵引：“顺藤摸瓜”，手术时从外口切开牵拉一部分瘘管，在肛隐窝水平的内口处会出现凹陷。用于内外口放射状分布的瘘管及术中边切除边牵拉判断。

5.注射技术：肛门内放置肛门镜和纱布，可从外口注入染料，如美兰，如染料通过管道出现在直肠某部位，可判断内口。但染料会污染整个直肠和肛管。
或可注入双氧水，释放的氧气穿过内口时有气泡，气体产生的压力足以穿过狭窄的管道进入肛管直肠。

6.显像：
1）瘘管造影术：已被腔内超声和核磁共振取代。该技术不能使括约肌成像，不能确定瘘管和括约肌的关系。
2）肛周及肛管直肠腔内超声：可显示肛管和周围盆腔结构，以及括约肌显像。但超声仪器可达到的范围及受检患者的配合度影响，无法明确复杂肛瘘的延伸范围，以及疤痕组织和炎症组织及脓肿的存在影响超声辨别解剖结构的能力，以及无法区别疤痕和瘘管，对于内口的诊断也有局限。三维超声可有助于更明确诊断。
3）核磁共振成像：可清晰显示肛周结构和瘘道图像。相较B超，可显示整个骨盆区，可看到整个瘘管走向。准确率约85%。

所以，医生判断瘘管是低位或高位、简单或复杂；或者判断是括约肌间肛瘘、经括约肌肛瘘、括约肌上肛瘘、括约肌外肛瘘；判断瘘管是否分支，走向，范围，涉及肌肉和皮下组织层次，判断内口，一定是结合发作脓肿的临床表现、触诊和肛指检查，必要时影像学检查，同时结合手术时探查，耐心细致地手术操作，才能尽可能保证治疗达到目的。