肝囊肿的危害同血管瘤类似，主要是肝囊肿太大会引起腹胀以及对周围脏器的压迫。
压迫肝门胆管会导致黄疸以及肝损伤；压迫肝脏本身，会导致正常肝脏越来越少，可能导致正常肝脏不够用，肝衰竭；压迫胃肠道会影响进食，导致营养不良、肠梗阻等；压迫心肺会导致胸闷呼吸困难心慌等；压迫肾脏会影响肾功能等。
肝囊肿本身没有癌变的风险，除非一开始就不是单纯肝囊肿，而是囊腺瘤甚至囊腺癌。
肝囊肿破裂的风险也比血管瘤低，且破裂后导致大出血的风险也较低，因为肝囊肿越薄越容易破的地方一般血管并不丰富。
且不同于肝血管瘤，越大越难处理，相对较大的肝囊肿（直径10-20公分）更好处理，风险也并不增加，开窗的效果也更好。
因此，不同于血管瘤，如果血管瘤生长快，需要尽早处理。肝囊肿完全可以等到更大、症状明显的时候再做处理尤其是位置很深的肝囊肿。
每个患者均有特殊性，具体病因、治疗指征和方式请咨询专科医生。
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