1、一般治疗
注意休息，多饮水，通大便，食用易消化富于营养的流质或半流质。高热、头痛者可服用退热止痛剂。本病有传染性，病人应适当隔离。

化脓性扁桃体炎多为细菌感染，抗菌消炎是主要的治疗原则。以往多首选青霉素。近年来，型细菌和厌氧菌在扁桃体炎的致病作用已受到了普遍关注。L型细菌细胞壁缺陷，对抗生素的敏感性与一般细菌不同。

药理研究表明，育霉素类主要作用于细脑壁，只能抑制一般细菌。L型细菌对青窍素明显耐药。红霉素能抑制细胞质内蛋白质的合成，但不容易穿过细胞壁，故对L型细菌的作用比一般细菌强。
氨基贰类抗生素、氯霉素对L型细菌亦有效，但副作用较大，用药时应考虑。灭滴灵、洁霉素对缺氧环境中的细菌敏感。对重症患者，可考虑不同抗生素的协同作用。细菌培养 药敏实验，指导用药更合理。

3、局部治疗
扁桃体化脓的患者一般都是会出现口臭，因此可以选用洗必泰进行漱口来去除口臭，同时服用碘喉片含化进行消炎止痛。

4、中医中药
中医认为本病系内有痰热，肺胃不悄，外感风火，应疏风情热、消肿解毒，常用银翘甘橘汤或清咽防腐汤。

5、手术
如果扁桃体化脓的患者是属于反复性发作的话，并且会带有并发症的话，则应该考虑实行扁桃体切除术。