一、运动神经元疾病的治疗非常重要，及早治疗是关键。患上运动神经元疾病后，病人会因胃肠炎导致肠道菌种功能紊乱，尤其病毒性胃肠炎对脊髓前角细胞有不同程度的损害，从而使肌萎缩患者肌跳加重、肌力下降、病情反复或加重。肌萎缩患者维持消化功能正常，是康复的基础。
二、合理调配饮食结构。对于运动神经元疾病的治疗，饮食也能起到一定的促进作用。肌萎缩患者需要高蛋白、高能量饮食补充，提供神经细胞和骨骼肌细胞重建所必需的物质，以增强肌力、增长肌肉，早期采用高蛋白、富含维生素、磷脂和微量元素的食物，并积极配合食疗，如山、苡米、莲子心、陈皮、太子参、百合等，禁食辛辣食物，戒除烟、酒。
三、要想更好的治疗运动神经元疾病，就要严格预防感冒、胃肠炎。存在着某种免疫缺陷和肌萎缩患者由于自身免疫机能低下，或者，肌萎缩患者一旦感冒病程延长，病情加重，肌跳加重，肌萎无力、特别是球麻痹患者易并发肺部感染，如不及时防治，预后不良，甚至危及患者生命。
四、经常参加一些体育锻炼，有助于增强自身免疫力，提高抵抗能力，避免罹患感染性疾病；保护环境，避免有害金属污染，提高饮用水质量;饮食起居有规律，避免过劳。
按摩与运动
　　(1)、按摩
按摩对于改善局部肌肉功能、防止关节挛缩有很大作用，应每日坚持进行。
　　(2)、运动
本病的运动效果虽然存在争论，但大部分病人进行适量运动是有帮助的。过量的运动反而会引起肌肉疲劳。因此宜根据病情，在运动耐量试验的基础上制订可行的计划，定量的、间断的进行运动治疗，以保持关节活动度、肌肉长度，维持肌肉最大的功能。