牛奶蛋白过敏症可累及多器官和脏器，主要有皮肤、呼吸系统、消化道等。根据严重程度可以将其分为轻中度和重度。

皮肤症状常为特应性皮炎表现，如湿疹、瘙痒、皮疹、荨麻疹、水肿、干燥等，重度患儿为渗出性或重度特应性皮炎。

呼吸道症状一般是哮喘、咳嗽、鼻炎，严重时出现急性喉水肿或支气管阻塞伴呼吸困难；胃肠道症状一般表现为频繁反流、呕吐、腹泻、便秘，亦可出现便隐血或镜下血便所致的缺铁性贫血、重度溃疡性结肠炎等重症表现。

有些患儿甚至还会出现急性过敏综合征，此时必须及时去医院抢救。大多数婴儿同时存在上述两种或两种以上的症状，呕吐、胃肠道症状出现最快，食用牛奶后1~2小时即可出现，腹泻多在食用后2~6小时出现。1岁以内的牛奶过敏儿童的特应性皮炎发生率为40%~50%。持续存在牛奶蛋白过敏的患儿大多具有特应性疾病家族史，并且对多种食物不耐受或有过敏性疾病，食用牛奶蛋白后会使其症状发生改变。特应性皮炎痊愈后，患儿大多会出现鼻炎或是哮喘。如果排除感染等其他因素，孩子同时出现1个或1个以上。有表罗列的症状时，就应怀疑孩子发生了牛奶蛋白过敏。