咖啡斑科普4：披着狼皮的羊——I型神经纤维瘤样疾病

SPRED1的分子遗传学

作者：王智超医师，王慧静博士

作者单位：上海交通大学医学院附属第九人民医院整复外科

门诊时间：每周五下午 门诊9楼 神经纤维瘤专病门诊

上次提到有咖啡斑的不一定都是神经纤维瘤病，不一定都会伴发神经纤维瘤的生长。其中最常见的就是SPRED1突变的“I型神经神经纤维瘤样”病变。今天我们就来聊一聊，SPRED1基因突变的具体机制。

1. SPRED1的基因组结构和分子检测

SPRED1位于染色体带15q14上，跨越104.4kb的基因组序列。它包含七个外显子。转录本长7255bp，开放阅读框编码444个氨基酸。可以对从外周白细胞提取的DNA或RNA进行分子遗传学测试。通过多重连接依赖性探针扩增（MLPA），阵列比较基因组杂交（arrayCGH）或其他检测缺失的技术检测拷贝数变化（CNCs），例如多外显子缺失和整个SPRED1基因缺失。

与NF1突变相比，SPRED1突变很少见。在43％的散发病例中发现致病性NF1突变有CALM，伴有或没有雀斑，且没有其他的符合NF1诊断标准的表现。这种表型的散发病例中只有1.3％的患者发现具有致病性SPRED1突变。在具有相同表型的家族性病例队列中，73％的病例发现致病性NF1突变，19％的病例发现致病性SPRED1突变。在具有Lisch结节，神经纤维瘤或视神经胶质瘤的个体中未报道致病性SPRED1突变。

2. 突变谱和多态性

已报道的家族性和散发性病例中，最大型的调研描述了SPRED1阳性组中39％（13/33）的散发病例。SPRED1中所有已鉴定的突变和多态性在莱顿开放变异数据库（LOVD）中进行了总结，并将定期更新。该数据库可在http://www.lovd.nl/SPRED1在线访问，从2012年4月开始，包含了146个不相关个体中发现的89个不同突变。突变遵循HGVS命名法并且相对于SPRED1 cDNA参考序列（NM_152594.2）编号，其中A作为起始密码子+1。

该数据库包含大量突变：29个错义（33％），28个移码（31％），19个无义（21％），8个CNCs（9％），2个拼接（2％），一个沉默（<1％），一个框内缺失（<1％）和影响起始密码子的突变（<1％）。突变遍布整个基因。大多数突变是截短的或将导致SPRED1蛋白质合成障碍（28个移码，19个无义，8个CNCs，2个剪接，1个突变影响起始密码子）。在29个错义突变中，8个可能是良性罕见变异，3个明显致病，并且1个被认为是致病性的（基于大家族中的氨基酸保存和分离）。17种错义突变仍未得到分类，需要进一步调查。只有少数错义突变被归类为致病性突变。

在公共dbSNP135数据库中描述了多态性，其具有三种经验证的中性错义变体（p.Asp274Gly，p.Val309Ala和p.Pro315Leu）。在怀疑患有Legius综合征的个体中未检测到p.Asp274Gly和p.Pro315Leu，所以其可能是良性罕见突变。错义变化p.Val309Ala的功能分析证实了其中性作用。

到目前为止，Brems等人的原始论文中只发表过一次体细胞突变（2007年）。

从患有Legius综合征的个体的CALM中提取并培养黑色素细胞。除了胚系SPRED1突变（p.Arg24*）之外，还鉴定了体细胞SPRED1移码突变（c.304dupA; p.Thr102Asnfs*7）。

3. 基因型-表型相关性

SPRED1突变还没有报道过特定的基因型-表型相关性。Spencer等人2011年发表了7个具有多外显子或整个SPRED1缺失的个体。这些个体的表型与SPRED1中具有点突变的个体的表型没有差异。