1977年一位美国神经外科医生认为血管在颅内对舌咽神经形成压迫是引起疼痛的基础，并成功地应用显微血管减压术治疗多例患者，取得了良好效果。目前已知导致血管压迫舌咽神经可能的危险因素有：高龄、高血压、动脉粥样硬化、后颅窝容积小、遗传等。中国医科大学航空总医院神经外科陈国强

继发性舌咽神经痛多由于颅内肿瘤、动脉瘤、动静脉畸形、肉芽肿等导致，也可继发于茎突过长等。继发性舌咽神经痛的病因：

1.颅内舌咽神经受损，可有脑桥小脑角和颅后窝肿瘤、上皮样瘤、局部感染、血管性疾病、颈静脉孔骨质增生、舌咽神经变性。

2.颅外的舌咽神经受损，可有茎突过长、鼻咽部和扁桃体区域肿瘤、慢性扁桃体炎、扁桃体脓肿等。

原发性舌咽神经痛病因多数不明，部分患者发病前有上感病史，一般认为由于舌咽神经与迷走神经的脱髓鞘变化，引起舌咽神经的传入冲动与迷走神经之间发生短路，导致舌咽神经出现痛性抽搐。

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