巧克力囊肿一般建议要积极治疗。因为，囊肿一般会不断随着每次月经，不断变大，最终导致囊肿破裂，导致急性腹痛，影响卵巢功能，并造成盆腔黏连，导致不孕。
如果要彻底把囊肿切除的话，建议手术治疗，然后后续使用一段时间药物，预防复发。但术后还是会有一定的复发概率。
如果要控制囊肿不长大的话，可以药物治疗。但一般只能控制，不能完全消除。
所以选择，还在于你自己。
个人意见，是建议手术。术后用一段时间药。然后最好尽快备孕怀孕，这样对囊肿有进一步的预防复发作用
巧克力囊肿反复发作，也会影响卵巢功能，以及造成盆腔黏连，导致不孕。所以，还是要注意。最好早一点完成生育。