1、药物治疗：也就是保守治疗，通常是采用激素进行治疗，原理就是通过抑制雌激素合成，使得异位的内膜出现萎缩。如果病症不大的话，此方法还是可以试一试。但是如果是异位的病症较大的囊肿，在采用药物治疗，几乎没有什么效果了，只能采用手术治疗。

2、手术治疗：视病情等具体情况采用中西结合、卵巢囊肿剥离术等多种治疗方案有效治疗。手术是微创术，开口小，恢复起来快。

（1）局部治疗：主要用于痛经，不孕，盆腔结节与包块。

（2）电灼治疗：主要用于手术切除部分子宫内膜异位灶。

（3）手术治疗：保守性手术，清除或破坏病灶，保留生育功能；半保守性手术，控制疼痛，保留卵巢功能。

（4）根治手术：作全子宫及双侧附件切除，并尽可能清除病灶。卵巢巧克力囊肿用手术治疗是当前行之有效的方法，可以增加受孕机会。

3、中医治疗：中医认为，人是统一的整体，一切疾病的产生都是身体内部阴阳失衡的结果。任何局部器官发生病变，都与全身气血运行不畅，脏腑功能失调有关。具体到卵巢囊肿之症而言，由于卵巢为肝经所经过之地，其与肝脾等脏腑关系较密，而其囊肿的形成也正是肝郁气滞，痰凝血淤所致。目前最好的治疗卵巢巧克力囊肿的方法是中医保守治疗，一般采用的外敷药物进行治疗。采用“内病外治法”，引药归经可使药效直达病灶，从而起到调节气血，消瘀散结，活血止痛，通导全身，标本兼治，则立见其效。