急性肠胃炎是由于食进含有病原菌及其毒素的食物，或饮食不当，如过量的有刺激性的不易消化的食物而引起的肠胃道粘膜的急性炎症性改变。在我国以夏、秋两季发病率较高，无性别差异，一般潜伏期为12～36小时。肠胃炎的病因包括细菌、病毒、农药、食物本身的毒素、食物和食物起的化学作用、或其他无机性物质污染等。

一、细菌感染：细菌感染最常见的是食物受细菌感染，再煮熟或半熟的食物特别容易染有细菌。苍蝇和不合卫生的烹煮器皿。在室温下存放食物，很可能受到严重的细菌污染。雪柜应在四度之下，热柜应在六十度以上，可令细菌停止生长繁殖（其实未死的）。葡萄球菌和沙门杆菌通常来自处理食品的人员。尤其是含有奶类食品、经加工的肉类、鱼生寿司等。
1、葡萄球菌、大肠杆菌及沙门杆菌是最常见的病菌。
2、污染的禽类、肉类及鱼类中，常可发现弯曲杆菌。这种细菌常会引起腹泻和剧烈的腹痛。
3、沙门氏菌属是引起急性肠胃炎的主要病原菌，其中以鼠伤寒沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、猪霍乱沙门氏菌、鸡沙门氏菌、鸭沙门氏菌较为常见。

二、病毒感染往往也可引致胃肠炎及肠炎。轮形病毒是引起儿童腹泻的最常见病原体。除此之外，可引致胃肠炎的病毒还有腺病毒、肠病毒、手足口病毒等等。这种感染可在两天之内发病。

三、植物产生的毒素：如紫杉、青性的茄属植物、牵牛花及七叶树属植物等，都含毒素，而马铃薯块茎所生的嫩芽，也是有毒的，也可以引致胃肠炎。

四、有毒的化学品，如砷、铅及各种杀虫剂等。若服下这些化学品，在数小时内即可发病。

五、阿米巴病、梨形鞭毛虫病等疾病，也可以引起胃肠炎的症状。
另外，不良的生活习惯造成的胃肠粘膜损伤等均会引起肠胃炎，而很多人遇到疾病会滥用氨苄、头孢等抗生素，这些抗生素会直接刺激肠道，也会引起肠胃炎。