上海市儿童医院眼科是以以儿童各型复杂斜视和眼球震颤的显微手术矫正、弱视以及屈光不正的矫正为优势；先天性泪道阻塞和泪囊炎，儿童多发性复杂睑板腺囊肿（霰粒肿）治疗为特色；同时开展儿童先天性上睑下垂、先天性睑内翻倒睫、眼部肿瘤等手术；开展早产儿视网膜筛查、儿童框架眼镜、硬性角膜接触镜（RGP）和角膜塑形镜（OK镜）的验配；对儿童常见病多发病有丰富的临床诊治经验。

目前我眼科配备了ZEISS角膜地形图、法国AVISO眼科A/B超声仪、RECAM-III眼底成像系统,儿童视力筛查仪、ZEISS显微镜、电生理检查仪、日本拓普康裂隙灯、综合验光仪、电脑验光仪、非接触眼压计、德国蛇牌检影镜、眼底镜、英国同视机、眼动仪等先进眼科仪器设备。