1、饮食原因：4—6个月左右，宝宝的肠道开始接触母乳以外的刺激物，大量的辅助食物会使得原有的肠道环境改变，引起功能紊乱，肠套叠就很容易找上宝宝。
2、回肠和盲肠生理特性：回肠和盲肠叠套现象会在多数宝宝身上出现。相较于成人的回盲肠直径比例（1：2.5），新生儿仅为为1：1.43，且肠瓣肥厚，游动性极强，可导致回肠嵌入盲肠达1厘米之多。肠道很容易因为炎症或者食物刺激出现肿胀等情况，从而引起肠瓣移动，牵拉肠管，导致套叠的出现。。
3、病毒感染：病毒会导致肠道机能失调，一旦受到如内腺病毒、轮状病毒等侵袭，肠叠套出现的机率极高。
4、肠道痉挛：痉挛是宝宝肠道常见的现象，此时原本按照节律蠕动的肠道会失灵，可出现过快或逆蠕，很容易引起叠套。
5、神经失调：部分孩子出现肠叠套可能是由于控制肠道的神经失调引起的，这些孩子的交感神经系统发育过程中极有可能存在故障。
6、遗传因素：一些宝宝的肠套叠，有可能来自家族的因素，父母或者近亲亲属曾患病，那么宝宝患上这种疾病的可能性较大。