植物神经系统在生理上由大脑皮质神经进行支配和调节。正常情况下大脑皮质的兴奋、紧张交替进行，协调一致。大脑是人情感、思维的主体，当外界的情志刺激因素强度过大，或持续时间过长，进而导致大脑皮质的部分区域过度兴奋，统一协调功能失常，致使大脑的血管紧张痉挛，血行缓慢瘀滞，进一步导致大脑供血不足，脑细胞低氧，代谢废物淤积，从而使大脑神经调节能力下降。

某一些人在同样的紧张刺激下，患病概率却各不相同，即说明了人格特征及行为方式等内因起了作用。引起植物神经功能紊乱的内因主要有性格内向、孤僻、情绪不稳定等性格缺陷，对外界刺激的内因主要有性格内向、孤僻、情绪不稳定等性格缺陷，对外界刺激耐受性差，适应环境、应付事件的能力不足。

外因多者长期持久的强烈精神刺激，如家庭纠纷、恋爱挫折、事业失败或人际关系紧张，持久的脑力、体力劳动，睡眠不足等。在外界因素长期作用下，高级神经中枢过分紧张，因而导致植物神经系统功能紊乱。

植物神经紊乱跟遗传有一定关系。有植物神经紊乱的人都有家族史，可能和家庭的生活环境有关。如果家庭经常不和睦，或者家庭中总是因为某些事情吵架。对于人的性格以及情绪都会造成影响，从而诱发植物神经紊乱或者神经衰弱症状。