子宫内膜异位症指子宫内膜腺体和间质出现在子宫以外的部位，即盆腔和盆腔以外。子宫内膜异位病灶可分为浅表型、深部型或卵巢型。侵入直肠阴道隔和/或肠道的子宫内膜异位病灶属于深部浸润型子宫内膜异位症（deep infiltrating endometriosis, DIE）。这些子宫内膜移植物的浸润性可导致明显的疼痛、肠道功能障碍和治疗困难。

直肠阴道隔或肠道子宫内膜异位症患者常表现为子宫内膜异位症的典型症状（痛经、性交痛和不孕）和/或胃肠道症状（排便痛、大便困难、直肠出血、便秘和/或腹胀）。直肠阴道隔子宫内膜异位通常表现为局部症状（如，深部性交痛和大便困难）。而直肠乙状结肠近端的肠道子宫内膜异位症则更可能伴有非特异性症状（腹泻、腹胀和腹痛）。

一项研究纳入了89例经组织学确诊的肠道子宫内膜异位症患者，其中最常见的主诉症状包括：腹痛（29%）；直肠出血（25%）；可触诊或影像学检查下可见的腹部肿块（24%）；痛经（23%）。

当直肠出血总是与月经出血同时出现时，高度提示直肠阴道隔子宫内膜异位症且病灶已浸润直肠壁。在上述研究中，直肠出血更常见于远端肠道子宫内膜异位症患者，而功能失调性子宫出血则更常见于近端肠道子宫内膜异位症患者。近端肠道子宫内膜异位症的其他症状还包括腹泻、便秘、腹胀和腹痛。患者偶尔还可表现为小肠或大肠梗阻、肠套叠，或被推测有直肠癌。性交时直肠阴道隔疼痛可能由阴道后穹窿直接受压所致，而排便痛可能由粪便通过时拉伸了直肠阴道隔组织所致。

需注意，症状的严重程度不能预测病灶的大小或范围。广泛性DIE患者可能无症状，而病灶较小的患者反而可表现出严重症状。患者可能在因其他指征而接受手术的过程中（如，评估不孕的腹腔镜操作）而偶然发现直肠阴道隔或肠道子宫内膜异位症。