1、意识混乱型偏头痛：该偏头痛的类型见于幼儿，几乎不见于青春期后及成人。偶尔，在青春期前首次发作并持续到青春期。患儿表现一种周期性混乱和方向感丧失、伴或不伴激动，继之出现呕吐，睡眠后缓解，头痛可能不重或回顾性忆起。首次发作期，做出诊断十分困难；急性期鉴别诊断包括各种脑炎和脑病、毒物摄取、陶醉、癫痫发作后兴奋状态。
2、基底型偏头痛：该偏头痛的类型先兆后出现头晕、眩晕、晕厥和运动性构音障碍，头痛轻微或缺如。青春期女孩最常见。鉴别诊断包括心源性或血管迷走神经性晕厥、内耳疾病、后颅窝肿瘤。
3、儿童期良性阵发性眩晕：基于其高的偏头痛家族史，有人认为是偏头痛变异型。临床不太常见，后期转为典型偏头痛。临床表现为短暂的眩晕发作，学步儿童不能描述症状，但典型表现是紧贴父母、看起来很惊恐。年长儿常描述自己在“动”。发作时不伴头痛。
4、偏瘫型偏头痛：表现为偏瘫，伴或不伴言语和/或语言障碍，持续数分钟到数小时。该变异型偏头痛通常是家族性、显性遗传，与19号染色体有关，已证实某些家系钙通道基因缺陷。首次发作不能诊断，尽管有阳性家族史也只能疑似诊断。必须排除偏瘫和头痛的其他病因，包括：颅内出血、占位、感染、中风等。对反复的、同一形式的发作、并且间歇期完全正常的患者可以诊断，特别是有阳性家族史者。反复发作者鉴别诊断包括交替性偏瘫、伴有发作后麻痹的未被观察到的部分性癫痫发作、线粒体病。是不常见的偏头痛的类型。
5、腹型偏头痛：发作性腹痛、恶心、呕吐，头痛轻微或缺如，少数患者腹痛之前可有先兆。睡眠、止吐和抗偏头痛治疗后症状缓解。周期性呕吐与线粒体细胞病有关，可能是腹型偏头痛的严重变异型。首次发作确诊困难，是不容易检查出来的偏头痛的类型。