1.原发性球孢子菌病 球孢子菌主要侵犯肺、皮肤、皮下组织、淋巴结、骨关节、内脏及脑。根据病菌侵入途径、发病部位及转归，临床上可出现两种情况：原发性球孢子菌病60％的患者无明显临床症状，只是球孢子菌素皮试阳性。部分患者可有临床症状，受染后约经2周的潜伏期，出现上呼吸道感染的症状，有咳嗽、低热、盗汗、头痛、脓痰中伴有少量血丝。有时伴有胸膜炎、大量胸腔积液、疱疹性结膜炎或急性关节炎。少数患者可伴发结节性红斑和多形性红斑损害，范围比较广泛，除四肢外，面颈部亦可发生。原发性皮肤球孢子菌病皮肤外伤后接触本菌发生丘疹结节，表面糜烂如梅毒下疳样。沿淋巴管继发散在结节，近位淋巴结肿大。常见的原发损害不一定有皮肤外伤史，常为无痛结节或斑块，红到暗红色，表面糜烂形成溃疡，日久形成疣状面。皮肤球孢子菌病亦可播散全身，侵犯各内脏器官或瘢痕形成而自愈。
2.进行性球孢子菌病 原发性球孢子菌病如迁延不愈，则有2％～8％有症状的原发性感染会残留肺部空洞，可有胸腔积液而出现液平面，或表现为肺结核球样损害，或伴有支气管扩张、脓胸、气胸。病情发展可引起多发性结节性空洞，有持续性高热、乏力、食欲减退、消瘦、贫血、咳嗽、呼吸困难和发绀、脓性黏痰等症状，痰中含有许多菌体小团块。血行播散可引起骨骼、关节、皮肤和内脏病变。