1.去除疣体要干净彻底，把肉眼可见的外生性疣体彻底清楚，不留残体，一般要求CO2激光术，微波、冷冻、点涂药物其治疗的范围要超出疣体边缘0.5cm以上，而且要根据疣体的大小和所在部位不同达到一定的深度（至少要到基地层），发生在包皮过长上的疣体，最好行包皮环切术，将疣体和包皮一起去除。
2.去除疣体后一定要辅以局部和全身治疗，外生性的疣体经过物理和化学性的方法去除后，不排除附近的组织里还潜伏有引起尖锐湿疣的病毒HPV，清楚潜伏的HPV可通过局部用药（可选用清热解毒的中药，如板蓝根、大青叶、紫草、大黄、百部、苦参、虎杖、刘寄奴、野菊花等煎水外洗，或局部用干扰素侵润性注射）全身用药（可选用清热解毒，补气健脾的中药内服，如板蓝根、马齿苋、紫草、虎杖、莪术、茵陈蒿、黄芪、白术、薏苡仁、苍术等或肌肉注射干扰素，口服无环鸟苷等抗病毒药），所用的药物包括抗病毒和提高增强免疫力的药，治疗的时间要求1个月以上。
3.避免再感染许多尖锐湿疣病人治疗后再次发生尖锐湿疣是由于再次感染HPV所引起的，这不属于复发的范畴，而是再次感染发病，为了避免再感染，要求治疗后忌婚外的性生活，配偶一定要做相关的检查排除HPV感染，治疗后3个月内夫妻间的性生活最好能使用安全套。