在临床上，使用眼药水要讲究时间，主要有以下原因。
       眼睛的解剖结构要求两种药品应该错开滴眼使用。滴眼药水的次数一般是3-4次/天，1-2滴/次，一滴眼药水通常大约50微升，而人的眼睛结膜囊只能容下30-40微升的液体，由于人的结膜囊容积明显小于一滴眼药水的体积，还要容纳约10微升的正常泪液，因此一次滴1-2滴眼药水即可达到治疗目的。如果刚滴完一种眼药水就马上滴另一种的话，既浪费也无法吸收。
        药物潜在的配伍要求两种药品应错开使用。如果两种眼药水使用时间相隔太近，不但会影响药效，还可能产生不良反应。所以，同时使用两种眼药时，应在滴完一种后闭眼休息5-10分钟，再滴另外一种，以充分发挥药效。有的则需要间隔更长时间，如用于抗细菌感染的眼药水(如治疗红眼病)与抗病毒类的用眼药水同时使用，必须间隔大于30分钟。
       此外，两种眼药使用的先后顺序：先滴眼药水，后涂药膏(一般眼药膏应在晚上睡前用药，以保证夜间结膜囊的药物浓度)。先滴刺激性弱的药物，后滴刺激性强的药物。质地较粘稠的眼药(眼用凝胶或眼膏)应放在最后或睡前使用。