我们经常会发现同样来源的精卵融合成胚胎后，其发育过程会呈现出很大的形态差异，这种差异是由多种因素造成的，尤其是一些不可控因素。这些差异对胚胎植入和后续发育也有着一定的影响，因此在评估胚胎形态时，不同颜色的胚胎对于胚胎质量的判断有很大的价值，也是一项非常直观的指标。

胚胎的细胞质中都有脂滴，这是胚胎生长发育所必须的物质。但如果它的含量太高，会使胚胎的颜色更深。此时观察胚胎就会发现，胚胎中的黑色物质掩盖了其他重要的结构，如细胞核和核仁。如果这一层遮挡物不存在，就可以在镜下直观的量化受精卵阶段的原核的数量，从而选择三倍体、孤雌生殖或未受精的胚胎，因为原核和核仁形态是判断胚胎是否具有高植入潜力的有效方法。而这些重要结构被脂滴遮挡之后，就会影响对胚胎质量的判断，从而使结果的不确定性增加。另一方面，脂滴含量的增加，会使胚胎冷冻过程更为艰难，冷冻导致胚胎损伤的可能性也会增加，对胚胎质量造成不利影响。

再有，胚胎内物质的紧密度也会影响胚胎的颜色。在胚胎内物质总量固定的前提下，如果物质更紧密的堆在一起，看上去颜色也会加深，这种情况下胚胎内物质的化学反应可能会受阻，从而影响胚胎的发育能力。

此外，胚胎发育过程中细胞的死亡、凋亡和代谢过程会使胚胎产生一定量碎片，以及颗粒物质，这也是胚胎第三天分级的重要标准。这些物质过多累积的时候，预示着胚胎发育过程出现了问题，胚胎质量可能会比较差，分级也会相应降低。

显然，胚胎的颜色可以作为一项指标来选择预期质量更好的胚胎，高质量胚胎的往往颜色会更浅更均一。但是颜色深而致密的胚胎只要正常存活也不一定完全不能用，毕竟胚胎植入是个多环节的过程，影响因素非常多，在专业医生的判断下谨慎选择胚胎植入，才是确保试管顺利妊娠的关键。