众所周知，新生儿消化道具有独特的特点，其结构和功能的特殊性是新生儿呕吐重要的生理和病理基础。
首先，新生儿食管较松驰，胃容量小，呈水平位，幽门括约肌发育较好而贲门括约肌发育差，肠道蠕动的神经调节功能较差，腹腔压力较高等，均为新生儿容易出现呕吐的解剖生理原因。
其次，胚胎时期各脏器分化和发育的异常，尤其是前、中、后肠的异常，容易造成消化道的畸形，使摄入的食物或消化道分泌物不能顺利通过肠道，逆行从口腔排出，形成呕吐。
再次，胎儿出生时的刺激，如吞咽了大量的羊水、血液、以及出生后内外环境的急剧变化，也容易诱发新生儿呕吐。
最后，新生儿呕吐中枢发育不完善，容易受全身炎症或代谢障碍产生的毒素刺激引起呕吐。
归纳起来主要包括：食管蠕动功能不成熟，食道下端括约肌松弛；水平胃，相对于食管下端松弛的括约肌而言，幽门括约肌相对发达；胃容量小，胃壁肌肉发育不成熟，排空时间延迟；少数新生儿可合并消化道畸形；消化道自主神经调节机制不成熟，如受到羊水、血液及出生后环境变化刺激，容易诱发呕吐；消化道对激素及酶的反应迟钝，但对电解质紊乱、炎症或代谢异常等刺激敏感。