HPV引起的皮肤疣非常多见，尤其在学龄儿童。相反，肛门生殖器的HPV感染则主要见于青春期和年轻妇女。生殖器HPV感染虽然在儿童不常见，但可通过正常的接触，如盆浴时被父母接种传播。新生儿也可以被母亲的宫颈HPV感染所影响。
宫颈HPV感染是与年龄相关的，高峰年龄在15~25岁。文献报道生育年龄的正常妇女(包括宫颈细胞学检查无异常发现)HPV感染率在5%~50%。国外一项对有性行为的大学生的研究发现，43%的正常宫颈组织HPVDNA阳性。另一项研究对美国女大学生的调查也有类似的结果，即1/3的女大学生为HPV阳性。
大于30岁的妇女HPV感染下降。下降的原因可能是由于对已存在的病毒的免疫清除或抑制以及由于性伴侣相对固定，较少再感染新的病毒的缘故。单一性伴侣的妇女的HPV感染率也较低。据报道世界范围内，半数以上的性活跃的成年人在他们的一生中至少被一种生殖道HPV感染过。在美国，生殖道HPV感染是仅次于衣原体和滴虫感染的性传播疾病。美国疾病控制和预防中心估计美国每年大约有750000生殖道HPV感染的新病例。绝经后妇女HPV感染明显下降。国内文献报道正常宫颈HPV感染的阳性率为11%~37%，且有明显的年龄相关性，与国外文献一致。
宫颈HPV感染最常见的结局是没有明显的临床表现，仅在短期内可检出DNA。因此，多数HPV感染是一过性，尽管部分表现为慢性感染。非致瘤性HPV的平均感染时间是8.2月，致瘤性HPV则长达13.5个月。估计约3%感染HPV的妇女在她们的一生中会发展为宫颈癌，平均潜伏期(从有症状的原发感染到肿瘤发生)约为20~50年。