甲状腺功能低下的首要原因是自身免疫性甲状腺炎,即当免疫系统侵袭甲状腺时所发生的甲状腺炎症。最常见的类型是桥本甲状腺炎,即由于自身免疫的破坏,甲状腺不能正常分泌甲状腺激素。桥本甲状腺炎病程进展缓慢,可持续数年,最终导致慢性甲状腺损伤。垂体功能紊乱引起的甲状腺功能低下约占5%。此种情况下垂体没有向甲状腺发出分泌激素的信号每年接受甲状腺功能亢进治疗的患者约有3%出现永久性甲状腺功能低下。90%甲状腺功能亢进患者在进行放射性碘治疗时出现暂时性甲状腺功能低下,放射性碘被甲状腺吸收后明显减慢了甲状腺激素的释放。甲状腺疾病的其他病因还包括甲状腺先天缺陷、下丘脑(大脑中和垂体连接的部分)损伤、甲状腺感染以及妊娠等。感染及妊娠引起的甲状腺功能低下通常是暂时性的。如是先天性缺陷所致,则有可能是呆小病智力和躯体的发育迟缓。