WHO精子正常形态学标准不断变迁，第三版手册为30%，第四版为15%，现在的第五版为4%，这种严格标准主要用于判断精子是否具有自然受精能力，因为畸形精子很难穿过卵子厚厚的外壳，当然也无法出生健康或畸形的孩子。非生殖专业男科医生特别是中医生或妇科医生看到90%以上畸形率可能会认为问题很严重。其实，这个正常值意味着只要畸形率小于96%都属于正常范围无需担心。
精子形态学观察大多由人工经验计数为主，由于精子体积很小，同时还要经过涂片固定和染色等诸多环节影响，容易导致形态学报告准确性不足；严重少精子症由于精子数量太少更是无法涂片计数,所以对精子形态学结果多要打“？”。曾经有过怀孕史（包括生化妊娠和胎停流产）而且没有毒害环境接触的病人患畸形精子症的概率很低，浓度和活动力都正常的单纯畸形精子症也很少见，畸形率通常是随着精子浓度的下降而升高。真正的严重畸形精子症药物治疗无效，二代试管（ICSI）为其首选治疗方法；另外，异常精子不一定携带异常基因，目前畸形率较高的附睾和睾丸精子的ICSI宝宝与其他精子相比无明显差异。