慢性鼻窦炎以保守治疗为主，其治疗方案包括：1口服抗生素，2鼻用糖皮质激素，3粘液促排剂，4鼻腔冲洗，5粘膜收敛剂。间歇期和缓解期以局部治疗为主，主要是鼻喷激素和鼻腔冲洗。经3-6月规范保守治疗，多数鼻窦炎治疗效果良好。但是每逢感冒，鼻窦炎可能会复发。这时需要提前用药，以缩短鼻窦炎的病程。
对于保守治疗无效，患者鼻塞、头痛等症状严重，或者合并鼻腔鼻窦解剖结构异常的患者，建议手术治疗。目前国际标准的术式就是功能性鼻内镜手术（FESS）。