大约有20%-30%的卵巢功能减退与自身免疫性疾病有关，表现为：

1.器官非特异性自身抗体阳性，如抗核抗体、抗天然双螺旋DNA抗体、抗平滑肌抗体、类风湿因子、抗类固醇生成细胞抗体。

2.器官特异性抗体阳性，如壁细胞自身抗体、胰岛素抗体、抗肾上腺抗体、抗甲状腺抗体、抗卵巢抗体、抗颗粒细胞或抗卵母细胞自身抗体、抗透明带抗体。

3.常与自身免疫性疾病同时存在，如甲亢、桥本甲状腺炎、系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、肾上腺功能不足（阿狄森病）、甲状旁腺功能减退、重症肌无力。特发性血小板减少性紫癜，自身免疫性溶血性贫血。

4.组织学上的特殊表现：有研究证实卵巢早衰卵泡的颗粒细胞和卵泡膜内卵泡周围有大量的单核细胞、淋巴细胞和浆细胞的侵润，证实有自身免疫卵巢炎存在。

由于上述细胞的侵润血中可检出卵细胞浆抗体、透明带抗体、抗类固醇生成细胞抗体，从而导致卵母细胞大量丢失，卵巢萎缩。

单核巨噬细胞参与免疫应答及免疫调节，为最重要的抗原提呈细胞，参与摄取加工处理抗原，并激发免疫应答，还可分泌各种细胞因子如IL-1等，促进免疫应答。除巨噬细胞外，卵巢早衰的卵巢中还有树突细胞（DL）的集聚，它参与混合淋巴细胞反应，促进细胞毒T细胞的形成。树突状细胞（DL）通过其表面的MHC分子与抗原联合，以膜结合方式提呈抗原。以上改变证实卵巢早衰与自身免疫调节失常紧密相关。

过度的免疫反应导致卵巢细胞的病理性损伤，导致卵泡过度闭锁，从而损伤卵巢生殖功能，最终发生卵巢功能下降，严重可导致卵巢早衰。