人们在进行组织移植的研究中发现，移植物能否存活是由供者与受者细胞表面的特异性决定的。如两者的抗原特异性相同，则移植物易于存活，若不相同则被排斥。这种代表个体特异性的组织抗原称为组织相容性抗原。多种动物均具有复杂的组织相容性抗原，统称为组织相容性系统。其中能引起快而强的排斥应答的抗原系统称为主要组织相容性系统（major histocompatibility system, MHS），编码MHS的基因群称为主要组织相容性复合体（major histocompatibility comples, MHC）。MHC是指某一染色体（人体位于第6对染色体）上的一群紧密连锁的基因群，它们编码的抗原决定着机体组织相容性，与免疫应答和某一调节有关。成都军区总医院中医科杨敏

人类的MHC称为HLA，即人类白细胞抗原（human leukocyte antigen, HLA）。HLA是由HLA基因复合体所编码的产物。HLA作为基因研究时，代表一组密切连锁的基因群，称为HLA基因复合体，简称HLA复合体；若作为抗原研究时，则指由这群基因复合体所编码的抗原称为HLA系统，简称HLA。

在自身免疫病的发病机制中，一般认为具有某种特定空间构型的MHC分子是外源或自身抗原的载体。T细胞受体识别抗原多肽与MHC分子结合形成的多肽-MHC分子复合物，引起一系列免疫反应而导致自身免疫病。