历史上，食管不典型增生的治疗与GERD相同。然而，近来的一项研究显示，食管中的胃酸正常化可减轻Barrett食管的细胞增殖。令人感兴趣的是这一研究显示，尽管症状得到改善，但PPI并不保证可达到降低增殖的pH正常化。酸控制需要达到什么程度和维持多长时间的问题仍有待于大样本临床研究结果。

1.H2受体拮抗剂是治疗反流性食管炎的常用药，小范围的轻度Barrett食管病变通过治疗反流性食管炎就可有效控制。质子泵抑制剂（PPI）被认为是治疗反流性食管炎的标准疗法，常用药物有奥美拉唑、潘托拉唑、兰索拉唑和雷贝拉唑等。

2.非甾体抗炎药。非甾体抗炎药（如阿司匹林）可以预防Barrett食管发展为食管腺癌，每天服用肠溶阿司匹林的Barrett食管病人的食管腺癌发病率，比对照组减少了50％，且无并发症。因而，阿司匹林被认为是一种价格低廉而有效的预防药物。一组对Barrett食管病人分别进行药物治疗和抗反流手术治疗的长期随访表明，两组病例治疗的有效率均为91％，但都没有化生上皮消失的病例。在药物治疗组，食管黏膜的炎症明显重于抗反流手术组。Parrilla认为两种治疗方法对预防Barrett食管发展为异型改变和腺癌没有显著性区别，成功的抗反流手术的疗效似乎更好一些。

3.光动力疗法（PDT）是一种非热效应技术，是通过一定波长的光源与组织中的光敏剂相互作用而消除病变组织。Kelty2004年报道服用低剂量氨基乙酰丙酸（ALA）做光敏剂的光动力疗法可有效治疗Barrett食管。

4.腹腔镜胃底折叠术对伴有严重反流性食管炎症状（如烧心、吞咽困难、上腹痛或胸痛等）的Barrett食管病人，应当进行手术治疗。目前多认为腹腔镜手术与传统的剖胸或剖腹行胃底成型术相比较，具有创伤小、并发症少和疗效可靠的优势。在西方国家中腹腔镜胃底成型术大有取代传统开放式手术之势，其术式又分为完全胃底成型术和部分胃底成型术。

5.内镜下黏膜部分切除术对于黏膜有重度异型改变的Barrett食管的治疗目前还存在分歧。一种认为应当进行食管切除术，另一种则认为可以行内镜下黏膜部分切除术。目前临床应用的食管黏膜切除技术有多种，但没有一种被证明是完全安全的。

6.氩气凝固术又称氩气剥离术，在进行了抗反流手术之后再给予氩气凝固治疗，对于有高度异型改变的Barrett食管病人是一种安全有效的疗法，尤其适于那些不能手术的病人。

7.食管切除术被认为是惟一能够彻底根治，防止Barrett食管发展成为食管腺癌的最有效方法。近年来开展的胸腔镜结合腹腔镜进行食管切除术是一种安全、创伤小的手术。