该论文发表在国际甲状腺疾病研究最权威期刊《Thyroid》杂志上。

浙江大医学院附属第一医院    肿瘤外科

吴福生，王强凤福生主任医师

背景：
甲状腺癌是一种常见的内分泌系统恶性肿瘤，近年来，因超声等影像检查在甲状腺体检中的常规应用，亚临床型甲状腺肿瘤的患者明显增加，甲状腺癌也因此成为增长最快的肿瘤之一。其中，甲状腺乳头状癌占所有甲状腺癌的80％以上。因此，引起了人们的广泛关注。

近些年来，长链非编码RNA在肿瘤生物学中发挥越来越重要的作用。诸如：像mRNA一样发挥促癌和抑癌基因的作用，在转录水平调控蛋白的表达，独立于mRNA在恶性肿瘤诊断和预后作为生物标志物发挥作用。然而，lncRNA在甲状腺乳头状癌中的作用却很少研究。

目的：

从宏观、系统角度研究甲状腺乳头状癌lncRNA表达谱，筛选差异基因，探索其与患者临床特征的相关性，研究其功能，为甲状腺乳头状癌中lncRNA的作用研究奠定基础。

方法：

应用第二代高通量测序方法检测甲状腺乳头状癌和癌旁组织中lncRNA表达谱的变化，根据表达量p值挑选差异基因并应用定量PCR的方法验证确定。分析差异基因参与的信号通路，同时计算差异lncRNA与差异mRNA的相关关系，通过分析共表达的mRNA解析lncRNA的潜在功能。检测下调表达lncRNANONHSAT076749对甲状腺乳头状癌细胞增殖、迁移和侵袭功能的影响。结合患者的临床特征，分析这些差异基因的临床特征分布，验证临床特征相关性lncRNA。最后检测甲状腺乳头状癌组织中BRAFV600E突变状态，检测并分析BRAF突变相关性的甲状腺乳头状癌中差异lncRNA表达，预测其功能。

结果：

在12对测序标本中，相对于癌旁组织，RNA-seq检测发现半数以上甲状腺乳头状癌标本中共有188个差异lncRNA和505个差异mRNA(foldchange>2,p<0.05)。在31对验证标本中，定量PCR方法验证证实47个lncRNA和39个mRNA的差异表达，进一步证实RNA-seq的结果。我们分析差异lncRNA与mRNA的共相关关系，并构建了共表达图谱，这些差异lncRNA主要通过调控共表达mRNA，影响其参与的ECM-receptorinteractions和thefocaladhesionpathway等信号通路参与甲状腺乳头状癌的发生发展。下调表达NONHSAT076749后，PTC细胞突破基质胶进入transwell下室的细胞数量与对照组相比减少，但无统计学差异。结合临床病理特征发现，lncRNA在甲状腺乳头状癌中存在差异性分布，差异lncRNA主要集中在淋巴结转移组或非微小癌组。lncRNANONHSAT076747、NONHSAT122730和NONHSAT007318等9个lncRNA是淋巴结转移相关lncRNA；而lncRNANONHSAT130622的表达与肿瘤大小呈负相关。最后比较分析BRAF基因突变组和野生组两组间lncRNA的差异表达，建立BRAF突变相关lncRNA表达亚谱。在PTC细胞中，干扰BRAF基因表达可调控BRAF突变相关lncRNA的表达。进一步分析显示这些BRAF突变相关基因富集最多的是p53信号通路。

结论:

该研究应用第二代高通量测序检测方法和生物信息学的分析方法，从整体角度解析了甲状腺乳头状癌lncRNA表达谱的变化，为甲状腺乳头状癌的转录组信息特征提供了新的内容和观点。甲状腺乳头状癌相关的lncRNA：NONHSAT130622、NONHSAT076747andNONHSAT122730可能是其潜在的诊断和治疗的靶点。BRAF突变相关的lncRNA差异表达的发现对甲状腺乳头状癌个体化分子分型及精准治疗具有重要价值。

关键词：

甲状腺乳头状癌；长链非编码RNA；RNA测序；差异表达基因；信号通路