肛瘘和肛周脓肿直接病因是细菌感染，其形成过程主要有三个阶段：肛窦、肛腺感染-----炎症扩散导致肛门直肠周围脓肿----破溃排脓成肛瘘。

究其原因主要有以下几点：

一，新生儿体内雄性激素水平一过性增高。这种激素主要是从母体内带来的。过高的激素可以使肛门周围的腺体发达，分泌旺盛。而肛腺在分泌过程中一旦因某种原因受阻，就会引发局部感染。而男宝宝由于睾丸也产生雄激素，使肛腺分泌更为旺盛，这就是为什么肛周脓肿大多数都为男孩儿的原因；

二，小儿骶骨弯曲尚未形成，直肠和肛管接近直线，加之肛门内括约肌紧张度较弱，因此粪便易直接压迫肛门粘膜，特别是压迫两侧坐骨结节处，摩擦引起损伤而致细菌侵入，引起炎症形成脓肿。女孩因子宫后倾，可形成直肠屈曲，改变粪便压迫方向，故不易发生肛瘘。

三、小儿肛门直肠局部的免疫结构尚未发育成熟，直肠粘膜IgA减少，当不注意局部清洁卫生，或患上一些引起抵抗力下降的疾病，就会打破这里的免疫屏障，引发肛周局部感染。

四、婴幼儿大便次数多，大便稀，容易使稀便积存于肛窦，引起肛腺感染。

所以婴幼儿也会发生肛周脓肿和肛瘘，但随着年龄的增长，体内激素水平降低，骶骨弯曲逐渐形成，局部防御能力增强，大便次数减少、成形，肛周感染的发生率会显著下降。