1、血常规：一般病例白细胞计数正常或偏高，分类时淋巴细胞较高，中性粒细胞较低。
2、血生化检查：部分病例丙氨酸转氨酶、谷草转氨酶、肌酸激酶同工酶轻度升高。重症病例血糖可升高。
3、脑脊液检查：外观清亮，压力增高，白细胞计数增多（危重病例多核细胞可多于单核细胞），蛋白正常或轻度增多，糖和氯化物正常。
4、X线胸片：可以表现为双肺纹理增多，网络状、点片状、大片状阴影，部分病例以单侧为主，快速进展为双侧大片阴影。
5、磁共振：以脑干、脊髓灰质炎损害为主。
6、脑电图：部分病例可以表现为弥漫性慢波，少数可出现棘（尖）慢波。
7、心电图：没有特异性改版，可以看到窦性心动过速或过缓，ST-T改变。
8、病原学检测：
①病毒分离：自咽拭子或咽喉洗液、粪便或肛拭子、脑脊液或疱疹液及脑、肺、脾、淋巴结等组织标本中检测到肠道病毒核酸，并鉴定为肠道病毒71型、柯萨奇病毒A16型或其他肠道病毒。
②核酸检测：自病人血清、咽拭子或咽喉洗液、粪便或肛拭子、脑脊液或疱疹液及脑、肺、脾、淋巴结等组织标本中检测到肠道病毒核酸，并鉴定为肠道病毒71型、柯萨奇病毒A16型或其他肠道病毒。
③血清学检测：急性期与恢复期血清肠道病毒71型、柯萨奇病毒A16型或其他肠道病毒中和抗体有4倍或4倍以上升高。