精囊炎的致病菌大多为大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌或溶血性链球菌。精囊腺在位置上与前列腺相邻，精囊的出口，射精管从前列腺内部穿过，开口于前列腺部尿道的精阜头位置，因此精囊炎往往伴随着前列腺炎一起发病，而生殖道的炎症通常是病原体经尿道逆行感染生殖道导致的，所以精囊炎往往继发于前列腺炎，治疗前列腺炎效果好的消炎药，通常对精囊炎的治疗效果也不错。前列腺外层是坚韧的脂质包膜，对青霉素、头孢等水溶性抗生素通过性差，对喹诺酮类、大环内酯类脂溶性抗生素通过性好，左氧氟沙星、加替沙星等三、四代喹诺酮内抗生素，对大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌有较好的杀菌作用，罗红霉素、克拉霉素等二代大环内酯类抗生素，属于快速抑菌药，有很好的组织穿透力，对革兰阴性杆菌、革兰阳性球菌、支原体、衣原体等都有较好的杀灭作用。

        对于药物保守治疗效果不佳、反复发作的精囊炎，需要进一步检查前列腺精囊磁共振、血前列腺肿瘤标记物等排除精囊结石、精囊息肉、精囊肿瘤、前列腺肿瘤等相关疾病，必要时还要住院在麻醉下行“经尿道精囊镜检查术”进一步明确诊断，根据术中具体情况行射精管扩张、精囊腺冲洗和药物保留灌注、钬激光碎石、肿物切除或活检术等。