胆总管结石的临床表现复杂多样，主要是胆总管梗阻和相伴发生的急性化脓性胆管炎，在结石有效清除以前，症状反复发作。胆管梗阻是决定性的因素，病情的轻重，进展的急缓和梗阻的程度（是否完全）和持续的久暂，胆道感染的严重程度，肝脏损伤的程度和范围与是否有并发症等有密切关系。
胆总管结石最典型的临床表现是上腹绞痛和对穿性背痛，寒战、高热和随后发生的黄疸三大组症状；若胆管下端梗阻完全，胆囊管通畅，胆囊壁尚未纤维化萎缩，表现右上腹有肿大压痛的囊性包块；肝脏呈对称性、弥漫性肿大、压痛；患者表现弛张性高热，肝细胞损害和胆汁淤滞的表现等一系列中毒性症状，总称为急性梗阻性化脓性胆管炎。若就诊较晚或未予及时有效解除梗阻，感染进一步加剧，全身毒血症和中毒性休克致重症急性梗阻性化脓性胆管炎（ACST）导致严重的并发症甚至危及生命。