不同的型别引起不同的临床表现，根据侵犯的组织部位不同可分为：
一、皮肤低危型：包括HPV-1、2、3、4、7、10、12、15等与寻常疣、扁平疣、跖疣等相关；
⒈良性皮肤表现
⑴寻常疣：米粒大小的丘疹，表面角化明显，粗糙不平、顶端刺状，质地坚硬，皮损可单个，也可多个，可自身接种而逐渐增多。多发生在手足等。
⑵特殊部位表现疾病：
甲周疣：发生在指、趾甲周围，表现为甲下增厚、角化。
跖疣：发生在足跖部位，皮损表面因受压可见出血点和黑点。
丝状疣：发生在颈部、眼睑的 呈柔软丝状多个细小疣。
扁平疣：多发生在面部，躯干部位也常见，多为2-5mm大小的扁平丘疹，肤色或淡褐色，表面光滑，圆形或类圆形，偶因瘙痒而搔抓形成自身接种，或沿皮肤损伤表面种植。
⒉外生殖器疾病良性表现
⑴生殖器疣（尖锐湿疣）：包括三种状态：典型表现、亚临床感染、潜伏感染。
（a）典型表现：肉眼可见的典型皮损：形态上为乳头瘤状、菜花状、颗粒状、鸡冠状等；
（b）亚临床表现为肉眼不易辨认，借助放大镜、醋白试验才能观察到，组织学和细胞学检测有典型HPV的病理改变；
（c）潜伏感染是HPV进入皮肤黏膜的细胞内，不引起任何临床表现和组织细胞学的异常，而通过分子生物学方法、核酸杂交等可在皮肤黏膜的细胞中检测出。
易发部位：女性外阴、阴道、宫颈和肛门周围、肛管内、尿道口；男性的外阴、阴茎、睾丸表面、尿道口、肛门周围、肛管内等。
少见部位：腋窝、脐窝、趾间、乳房下等。
⑵特殊部位：口腔粘膜表面的疣状损害、复发性呼吸道乳头瘤病等。
二、皮肤高危型：包括HPV-5、8、14、17、20、36、38与疣状表皮发育不良有关，还有资料表明皮肤的鲍温病、基底细胞癌、帕哲病、鳞状细胞癌等上皮肿瘤也与此类病毒感染有关。
其他还与可能HPV感染有关的恶性肿瘤包括：外阴癌、阴茎癌、肛门癌、前列腺癌、膀胱癌。
三、黏膜低危型：如HPV-6、11、13、32、34、40、42、43、44、53、54等与感染生殖器、肛门、口咽部、食道黏膜；
四、黏膜高危型：HPV-16、18、30、31、33、35、39与宫颈癌、直肠癌、口腔癌、扁桃体癌等

病毒感染（30%）：
HPV主要通过接触感染部位或污染的物品传播。
性传播（35%）：
生殖器感染主要由性交传播，新生乳头瘤病毒的生活周期与表皮细胞分化密切相关。
母婴传播（35%）：
新生儿可在产道感染，病毒感染常为局部的，不经血流扩散，不同型的HPV可引起不同部位的乳头瘤，皮肤疣一般是良性的，HPV的DNA是游离的，有些疣能自行消退，高危型的人乳头瘤病毒与生殖道癌前病变及恶性肿瘤密切相关，HPV的DNA往往整合在宿主细胞的染色体上。
HPV造成的损伤受免疫因子的影响，细胞介导的免疫较为重要，HPV感染后出现皮肤疣，持续较长时间后会自行消退;而免疫抑制患者疣及宫颈癌 的发生率会增加。
发病机制
HPV经直接或间接接触传播到达宿主皮肤和黏膜上皮细胞，通过微小糜烂面的接触而进入细胞内，停留在感染部位的上皮细胞核内复制并转录，但不进入血液循环，不产生病毒血症，复制和装配后的病毒颗粒先在胞核内聚集，然后释放，又逐渐感染邻近的细胞，使越来越多的宿主细胞被HPV感染，成为自身接种与传播的来源，病毒DNA还可以整合入宿主细胞DNA中，随细胞DNA同步复制，致使被感染细胞的所有子细胞处于潜伏感染状态，在潜伏感染期中病毒是以染色体外自我复制的质粒或游离基因形式存在，这些基因组也能感染邻近细胞。目前最重要的是：
1.不接触本病病损处。
2.防止带有HPV的渗出物污染公共环境，做好浴盆，浴巾，马桶的清洁，消毒。
3.有肛门及外生殖器疣 者应先进行诊断及治疗，性交时男性应使用避孕套，以防止生殖器HPV相互感染。
4.加强全民卫生知识宣传和性教育，重点对性紊乱者加强性道德教育，洁身自好。
5.注射HPV疫苗
在女性恶性肿瘤中，宫颈癌的发病率仅次于乳腺癌，大多数宫颈癌是由HPV感染所致。目前已分离出的HPV达100多型，其中至少14型可导致宫颈癌或其他恶性肿瘤。全球范围内，大多数的宫颈癌中可测出高危型HPVl6和18亚型，其中HPV16亚型诱发癌变的潜力最大。低危型HPV6和11亚型则与绝大多数生殖器尖锐湿疣和几乎所有复发性呼吸道乳头状瘤相关。尽管外阴、阴道、阴茎和肛门的癌症和癌前期病变相对罕见，但至少80%肛门癌和至少40%～60%外阴癌、阴道癌和阴茎癌是由HPV诱发的。HPV基因型的分布因地理区域而不同，但在所有区域中占主导地位的致癌基因型均为HPV16亚型。世界上第一个可预防由6型、11型、16型和18型人乳头状瘤病毒（HPV）引起的宫颈癌及癌前病变、生殖器疣的疫苗已获批准。
【目前有几类HPV疫苗？】世界各国正在研究的HPV疫苗有N多种，但目前最流行的只有三名成员，分别是：二价、四价和九价疫苗，“价”代表了疫苗可预防的病毒种类。
二价疫苗
可以预防由HPV16和HPV18型病变引起的宫颈癌。这可以说是雪中送炭，因为，超过70%的宫颈癌都是由这两种病毒引起的！在2016年7月，率先获准进入中国市场。
四价疫苗
可以预防6、11、16、18型HPV。四价疫苗只是锦上添花而已，因为HPV6和HPV11并不属于宫颈癌高危型HPV病毒，它们可以引起尖锐湿疣和外阴癌，而外阴癌相比宫颈癌少见得多了。这位在2017年6月也进入了中国市场。
九价疫苗
针对HPV6、11、16、18、31、33、45、52、58九种亚型，据称能预防90%的宫颈癌！目前九价疫苗还没有获准进入中国市场。
【哪些人适合接种HPV疫苗？和年龄有关系吗？】
一般认为，HPV疫苗最佳开始接种年龄是11～12岁。美国人推荐是9～26岁。全球范围内一般认为可以在9～45岁之间。日前获准在中国上市的二价疫苗推荐为9~25岁的女性接种。
预防接种时间应早于平均开始性生活年龄，这一时期也是机体免疫系统对疫苗的反应的最佳时期，但年龄限制不是绝对的。
由于HPV疫苗对于已存在的HPV感染作用甚微，因此理论上性生活开始前接种保护作用最大。
不仅女性可以接种HPV疫苗，男性接种不仅可以降低相关肿瘤和生殖道疣的发生率，爱人同样受益。
【疫苗通常需要打几针才能有效？】
和乙肝疫苗很相似，HPV疫苗通常分3次注射给药，共6个月。分别是第0、1、6月给药（希瑞适）；或者第0、2、6个月给药（加德西）。
【HPV疫苗会有什么副作用吗？】
HPV疫苗出现副作用的案例极少，症状也较轻微，如注射部位出现红疹、肿胀及疼痛。比较严重的副作用包括：发烧、恶心、晕眩，肌肉无力及麻痹；但与所有疫苗一样，绝对是利＞弊。
【接种疫苗后还需要接受筛查吗？ 接种疫苗后能管多少年？】
无论接种2价疫苗、4价疫苗还是9价疫苗，接种疫苗后仍然需要定期筛查。原因很简单，现有疫苗，包括9价疫苗并不能预防所有的高危型HPV。可能还有一小波高危型HPV目前没有得到鉴定，当然更没有针对性疫苗。 至于注射HPV疫苗后免疫保护能维持多少年，目前还不完全清楚。原因是HPV疫苗使用还不到十年，效果还有待观察。前一段时间认为，维持5年没有问题。目前认为，维持10年也没有问题。数学模型显示，维持50年没有问题。

电镜检查
HPV是最早在电镜下观察到的病毒之一，将活检标本负染，若能在电镜下见到特征性的病毒颗粒，即可作出诊断;而用免疫电镜可提高检出率，电镜检查法虽然准确率很高，但费时，需特殊仪器设备，且检出阳性率很低。
2.PCR技术
应用此法可检测HPV-DNA，还可进行基因分型，灵敏度可达1fg，该法操作简便省时，而且标本来源不受限制，如病变组织或脱落细胞，分泌物或黏液，新鲜标本或保存已久的石蜡切片等标本均可。
3.血清学检查
目前尚不能用血清学方法对HPV进行确诊及分型，为发展型特异性血清学试验现正在研究试用基因工程表达产生的晚期蛋白来检测患者血清中相应的抗体，初步认为，L1和L12蛋白可用于检测HPV型特异性免疫应答。
4.核酸杂交技术
核酸分子杂交技术不仅能对HPV进行确诊，而且还能对HPV进行分型，利用放射性核素或生物标记的HPV-DNA探针来检测患者标本中是否存在互补的核酸链，最常用的方法为斑点杂交法，其次为DNA印迹法及原位杂交。
5.内镜检查
要发现阴道，肛门及直肠，尿道等部位的生殖器疣则分别需借助阴道镜，肠镜 以及尿道镜等内镜检查，凭外观特征进行诊断。
宿主细胞受感染后，病毒继续增生并产生局部病变，引起皮肤表面层过度增生，但组织病理损伤特征不一，这与HPV型别，数量以及感染部位和机体免疫状态有关，例如：HPV-16和HPV-18比HPV-6和HPV-11易致阴道下段侵入性肿瘤;呼吸道乳头瘤，尽管为良性，但可因阻塞呼吸道而危及生命，孕妇和免疫低下的人群感染后病情更为严重，子宫颈细胞移行区的鳞状上皮对HPV的致瘤作用特别敏感，有些细胞出现典型的乳头状瘤细胞的结构变化，有些细胞感染后转化成特征性的棘状细胞空泡化，粒状层，透明层细胞角质化。